Ngoài ra, có thể thấy rằng, Ngũ Hành Sơn có một vẻ đẹp riêng có, đó là vẻ đẹp hài hòa của một vùng sinh thái tự nhiên đan xen đời sống văn hóa tâm linh. Chùa chiền, hang động hòa quyện với nhau như hình với bóng. Chính với yếu tố này, Ngũ Hành Sơn mang một vẻ đẹp vừa thoáng đãng lãng mạn, vừa trầm mặc cổ kính. Và trong khung cảnh ấy, giữa tiếng gió reo vi vút, tiếng mõ chiều vang vọng giữa thinh không, mùi hương trầm thoảng đưa trong gió, ánh sáng huyền ảo tràn vào khe đá, khiến cho lòng người lên non cao vãng cảnh chùa bỗng thấy phiêu diêu như lạc vào cõi phật, về với miền vô ngã, vô ưu, không còn lo toan, phiền muộn trần thế.

Trước cảnh đẹp của Ngũ Hành Sơn, nhà thơ Nguyễn Khuyến đã cảm tác ra bài thơ “Đăng Ngũ Hành Sơn lưu đề”:

登五行山留題

五行秀色鬱岧嶢，
海上三神定不遙。
日月九天迴洞口，
波濤萬里蕩山腰。
晴空石壁生寒雨，
夜半鐘聲落嫩潮。
覽此江山奇勝絕，
生教塊礧一時消。

Đăng Ngũ Hành sơn lưu đề

Ngũ Hành tú sắc uất thiều nghiêu,

Hải thượng tam thần định bất dao.

Nhật nguyệt cửu thiên hồi động khẩu,

Ba đào vạn lý đãng sơn yêu.

Tình không thạch bích sinh hàn vũ,

Dạ bán chung thanh lạc nộn triều.

Lãm thử giang sơn kì thắng tuyệt,

Sinh giao khối lôi nhất thì tiêu.

Cảm xúc trước vẻ đẹp huyền ảo, thơ mộng của Non Nước Ngũ Hành Sơn, nhà văn Tản Đà đã để lại cho đời 2 câu thơ:

“Rủ nhau lên động Huyền Không

Bụi trần rủ sạch như không có gì”

Hay nữ sĩ xứ Quảng Bang Nhãn, trong bài Vịnh Ngũ Hành Sơn cũng đã rung cảm:

Cảnh trí nào hơn cảnh trí này ,

Bồng Lai tiên cảnh hẳn là đây.

Núi chen sắc đá pha màu gấm,

Chùa nức hơi hương khói lộn mây.

Ngư phủ gác cần ngơi mặt nước,

Tiều phu chống búa tựa lưng cây.

Nhìn xem phong cảnh ưa lòng khách,

Vút mắt Trường Sơn ác xế tây.

          Đặc biệt, nhắc tới vẻ đẹp của Ngũ Hành Sơn, chúng ta không thể nhắc tới hệ thống hang động đá vôi Karst. Hang động Ngũ Hành Sơn không chỉ đa dạng về số lượng mà còn phong phú về hình thái và chủng loại. Mỗi hang đều mang một sắc thái riêng biệt. Nếu hang Vân Căn Nguyệt Quật, hang Gió mang đến cảm giác tươi mát, thư thái thì động Tàng Chơn, động Huyền Không, động Quan Âm lại mang một vẻ đẹp tâm linh, thâm u, huyền bí, hay động Vân Thông, động Thiên Long, động Huyền Vi tạo cảm giác ly kỳ, mạo hiểm.

          Một điều đáng chú ý nữa là hang động Ngũ Hành Sơn có một hệ thống  thạch nhũ với muôn hình vạn trạng. Đây là kiệt tác của thiên nhiên, được hình thành qua hàng trăm nghìn năm do nước karst nhỏ giọt từ trần hang xuống, lắng đọng, kết tủa calxit mà thành.       

Bên cạnh vẻ đẹp của tạo hóa và bàn tay hữu ý con người tạo nên, Ngũ Hành Sơn còn là nơi bảo tồn được nhiều loại thực vật quý hiếm, tiêu biểu như:

- Cây đa sộp ở sườn Đông ngọn Thủy Sơn, sau lưng Chùa Linh Ứng có 610 năm tuổi, cao 25m, chu vi thân chính 1,1 m, đường kính gốc 2,438m, tán lá bao trùm toàn bộ mái chùa. Tuy môi trường sống trên núi đá vôi, khô hạn, chịu ảnh hưởng mạnh của gió biển nhưng cây có hình dáng đặc sắc bề thế, vẫn đang xanh tốt, ra hoa, kết trái hàng năm.

- Cây thị 205 năm tuổi, cao 18m, chu vi thân 2,17m, phân bố ở sườn Nam ngọn Thủy Sơn, sau chùa Tam Thai. 

- Cụm 3 cây bồ kết trong khu vực động Tàng Chơn ở sườn Nam ngọn Thủy Sơn. Gồm 01 cây 210 năm tuổi, 01 cây 200 năm tuổi và 01 cây năm 160 tuổi; chiều cao từ 18 – 25m, chu vi thân từ 1,3 – 1,75m.

- 02 cây bàng ở sườn Nam ngọn Thủy Sơn, trước chùa Tam Thai, tán lá bao trùm toàn bộ sân chùa. Gồm 01 cây bàng 240 năm tuổi, cao 15m, chu vi thân 2,72m và 01 cây bàng cái 350 năm tuổi, cao 20m, chu vi thân 4,2m. Cây nằm ở vị trí hài hòa giữa khung cảnh thiên nhiên và ngôi chùa “Quốc Tự”, có kích thước lớn, hình dáng đặc sắc bề thế, tạo dáng đẹp và bóng mát che                     sân chùa.