Hệ thống di tích dày đặc trong Ngũ Hành Sơn, bao gồm hàng chục ngôi chùa, am, tháp, miếu thờ, hàng trăm di vật, cổ vật quý hiếm, chứa đựng tinh thần, tư tưởng đa nguyên của văn hóa Việt Nam. Thật hiếm có một di tích nào lại bao hàm cả một phức hợp các công trình tôn giáo tín ngưỡng của người Việt, người Hoa và cả người Chăm bản địa như Phật giáo, Đạo giáo, đạo Mẫu, Bà la môn giáo.
Tại các chùa ở Ngũ Hành Sơn, chúng ta đã thấy ngoài thờ Phật là chính, còn thờ các vị thần trong Đạo Giáo như Ngọc Hoàng, Quan Thánh, Bát Tiên, Tam Đa, Ông Tơ Bà Nguyệt…và các vị nữ thần có nguồn gốc Champa như Bà Ngọc Phi, Bà Lôi Phi, Linh Sơn Thánh Mẫu (nữ thần Po Inư Nagar). Còn đối với sư tăng tu tập tại đây, họ không chỉ là tín đồ Phật giáo mà trong tư tưởng và hành vi còn phảng phất hình ảnh của Đạo giáo. Nhà sư đóng vai trò như một thầy pháp giúp dân trừ tà, chọn đất, ma chay, thậm chí đóng vai trò quan trọng trong lễ thế gà trống mang đậm tính phù thủy của đạo giáo, để giải quyết tranh nại giữa những người có mâu thuẫn, hoặc thực hiện lễ cầu tự cho những người vô sinh đến cầu nguyện Tam Thế Phật.
Điều này phản ánh nguyên vẹn chân dung của diễn trình giao lưu, tiếp xúc và tiếp biến văn hóa Việt trên dải đất miền Trung đầy nắng và gió, cũng như thái độ ứng xử hòa hiếu, mang đậm chất nhân văn của tổ tiên chúng ta trong quá trình Nam tiến.
Bên cạnh đó, Ngũ Hành Sơn hiện đang lưu giữ một kho tàng di sản tư liệu đồ sộ với nội dung đa dạng, hình thức độc đáo, và tính duy nhất không thể thay thế.
Nếu như các văn bia ma nhai “Phổ Đà Sơn Linh Trung Phật” ở động Hóa Nghiêm, bia “Ngũ Uẩn Sơn cổ tích Phật diệt lạc” ở động Vân Thông cho biết ngay từ thế kỉ XVII, Phật giáo ở đây có sự ảnh hưởng rộng khắp và mang tính quốc tế thì các hoành phi, liễn đối, bia ký, cổ vật khắc chữ ngự ban của vua chúa nhà Nguyễn đã phản ánh sự trọng đãi của nhà Nguyễn với Phật giáo Ngũ Hành Sơn.
Hay những thi tứ trác tuyệt được lưu trên đá cách đây hàng trăm năm trước của du khách như bài thơ tại động Hóa Nghiêm của Bố chánh tỉnh Quảng Nam, Loan Pha Trần Văn Thống hay bài ca trù của tác giả Tiểu Cao – tự Nguyễn Văn Mại đã khẳng định vẻ đẹp Non Nước thoát tục và giá trị “danh thắng bậc nhất” của Ngũ Hành Sơn.
Ngoài ra, văn khắc trên đại hồng chung, gia trì chung cũng là những tư liệu quý, góp phần xác định những thời điểm có ý nghĩa đối với việc xây dựng, tôn tạo tự sở. Một số mộc bản, độ điệp, phái quy y còn lưu giữ cho thấy sự nối kết, tục truyền của sư tăng, Phật tử qua các thời kì khác nhau.
Rõ ràng, Ngũ Hành Sơn đang mang trên mình một khối lượng di sản văn hóa lớn và có giá trị nhiều mặt.
