Có thể nói danh thắng Ngũ Hành Sơn có một thế đất, thế núi vô cùng độc đáo. Núi ở đây có độ cao vừa phải, đứng kề nhau nhưng độc lập với nhau, không dính liền nhau. Thế núi không nằm theo hàng dọc hoặc hàng ngang mà xếp thành 02 tuyến: tuyến phía đông gồm có 02 ngọn: Thủy Sơn và Mộc Sơn; tuyến phía Tây gồm có ba ngọn: Thổ Sơn, Kim Sơn và Hỏa Sơn. Đây là sự trùng hợp ngẫu nhiên hết sức kỳ thú và được phân bổ trùng hợp theo phương vị ngũ hành.
Ngoài ra, ở danh thắng Ngũ Hành Sơn, cảnh vật non nước hữu tình, hệ thống hang động ở đây được bố trí một cách tự nhiên nhưng hết sức hài hòa theo thuyết âm dương: có đường lên trời - động Vân Thông (thuộc dương) thì cũng có đường xuống địa ngục - hang Âm Phủ (thuộc âm); có đỉnh Thượng Thai thì ắt có đỉnh Hạ Thai; có Dương Hỏa Sơn thì phải có Âm Hỏa Sơn; có Hang Gió Đông thì phải có Hang Gió Tây; có Vọng Giang Đài thì phải có Vọng Hải Đài… Điểm khá đặc biệt trong khu danh thắng là các ngôi chùa (thuộc dương) luôn gắn liền với các hang động (thuộc âm), chẳng hạn: Chùa Tam Thai thì có động Huyền Không và Hoa Nghiêm; Chùa Linh Ứng thì có động Tàng Chơn; chùa Quan Âm có động Quan Âm; chùa Linh Sơn có động Huyền Vy; chùa Thái sơn có động Tam Thanh…
Theo nhận định của kiến trúc sư Hồ Duy Diệm, núi Ngũ Hành Sơn cùng với núi Sơn Trà tạo nên thế đất theo thuật phong thủy gọi là “Rồng chầu hổ phục” cho Đà Nẵng
